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股權收購，是指一家企業 （以下稱為收購企業）購買另一家企業（以下稱為被收購企業）的股權，以實現對被收購企業控制的交易。收購企業支付對價的形式包括股權支付、非股權支付或兩者的組合。
股權收購的涉稅處理中，最核心的就是各方取得新股權（資產）計稅基礎的確認問題。
股權收購是企業重組的形式之一，交易過程中企業所得稅涉稅處理遵循財稅【2009】59號文（以下簡稱59號文）等文件的相關規定。
59 號文中有關股權收購交易資產計稅基礎的確定規則基本借鑒了美國現行并購重組稅制的規則，將交易資產計稅基礎的確定分為兩塊：一是應稅重組 (一般性稅務處理) 的資產計稅基礎確定；二是免稅重組 (特殊性稅務處理) 的資產計稅基礎確定。
在此基礎上，59號文規定一般性稅務處理（應稅重組）適用公允價值計量規則，特殊性稅務重組（免稅重組）適用計稅基礎替代規則和計稅基礎轉移規則，如下圖。
一般性稅務重組計稅基礎的確定規則及原理分析
采取一般性稅務重組的，59號文第四條第三項規定：“被收購方應確認股權、資產轉讓所得或損失；收購方取得股權或資產的計稅基礎應以公允價值為基礎確定。
59號文對此類業務計稅基礎的確定采取的是建立在企業所得稅對等原則基礎上的 “公允價值計量”規則：在交易發生時交易雙方確認資產轉讓所得或損失，發生權屬轉移的資產按照交易價格（公允價值）重新確認計稅基礎。
對于收購方來說，因為收購標的股權時已按公允價值支付對價，且轉讓方也將標的股權按公允價值計入收入總額并確認所得或損失，該股權的內含增值（或貶值）已經實現，故這時應調整該股權的計稅基礎。根據企業所得稅對等原理，應將標的股權原計稅基礎加上確認的所得（或減除損失）即公允價值作為收購方取得該股權時的計稅基礎，這樣以后出售該股權時才不會重復征稅。
對于轉讓方也是如此，如果收購方以非貨幣性資產作為支付對價，因為該資產是轉讓方出讓股權的對價，出讓收入已按公允價值確認和計量，且收購方也將該資產按公允價值計入收入總額并確認所得損失，按照企業所得稅對等原理，轉讓方也應以公允價值作為取得該資產的計稅基礎，這樣以后出售該資產時才不會重復征稅。
【例1】a公司是a公司的100%的控股股東，所持a公司全部股權的賬面價值（等于計稅基礎）為300萬元，公允價值500萬元；b公司是b公司的100%的控股股東，所持b公司全部股權的賬面價值（等于計稅基礎）為400萬元，公允價值500萬元。經協商一致，a公司擬收購b公司持有的b公司100%股權，并將其持有的a公司100% 的股權作為支付對價。假定雙方選擇一般性稅務處理。另假設未來某一時點，a公司和b公司分別將持有的b公司和a公司的股權全部對外轉讓，轉讓價均為500萬元。
（1）a 在交易中確認資產轉讓所得200萬元（500-300）， b 取得的a公司股份的計稅基礎按照公允價值確定，即 500 萬元（300+200）。b以后出售該股份時，假定公允價值并無變化，則確認應稅所得 0 萬元（500-500），不會導致重復征稅；
（2）b在交易中確認資產轉讓所得100萬元（500-400），a取得的 b公司股權的計稅基礎按照公允價值確定， 即500萬元（400＋100），如果a以后出售該股權，假定其公允價值并無變化，則確認應稅所得0萬元（500-500），不會導致重復征稅。
特殊性稅務重組計稅基礎的確定規則及原理分析
采取特殊性稅務重組的，59號文第六條規定：“被收購企業的股東取得收購企業股權的計稅基礎，以被收購股權的原有計稅基礎確定；收購企業取得被收購企業股權的計稅基礎，以被收購股權的原有計稅基礎確定”。
59號文對此類業務計稅基礎的確定采取的是“計稅基礎替代”規則和“計稅基礎轉移規則”。
（1）所謂“計稅基礎轉移”規則，是指收購方在收購過程中獲得股權的計稅基礎應當等于該股權在轉讓方手中時的計稅基礎加上轉讓方確認的所得（即該股權的公允價值）。
公式如下：
收購企業取得被收購企業股權的計稅基礎 = 被收購企業股權的原計稅基礎＋轉讓方確認的所得
此規則實質上還是遵循“公允價值規則”，只不過在免稅重組中轉讓方確認的所得可能為零，因此，該股權在轉讓方的原計稅基礎就像原封不動“轉移”到收購方一樣，這正是“計稅基礎轉移”理論的來源，59號文表述為“收購企業取得被收購企業股權的計稅基礎，以被收購股權的原有計稅基礎確定”。
（2）所謂“計稅基礎替代規則”，是指一個免稅股權收購交易對于目標企業或其股東（轉讓方）而言，其重組的實質是在變化后的企業形態下股東利益的持續，因此，用出讓股權的計稅基礎替代其取得的收購方新股權的計稅基礎。
該規則的原理在于：保證轉讓方取得收購方新股權（以下簡稱新股權）行為與轉讓方直接出售原股權（以下簡稱原股權）行為擁有相同的稅負。因為基于等價交換原則，轉讓方取得新股權的公允價值等于出讓的原股權的公允價值，這時假如取得的新股權的計稅基礎等于原股權的計稅基礎，那么轉讓方以后出售新股權與直接出售原股權的稅收結果完全相同，就像轉讓方用出讓股權的計稅基礎“替代”了取得的收購方股權的原計稅基礎一樣。
替代規則下，轉讓方取得收購企業股權計稅基礎= 換出股權的原計稅基礎＋確認的收益-確認的損失-收到的非股權支付對價
如果股權收購符合特殊性稅務重組，則上述公式簡化為：
轉讓方取得收購企業股權的計稅基礎
=轉讓方出讓股權的原計稅基礎＋轉讓方確認的所得-轉讓方收到的非股權支付對價
繼續對上面的公式進行推導，可以得出：
轉讓方取得收購企業股權的計稅基礎=轉讓方出讓股權的原計稅基礎*股份支付比例
【具體推導過程如下：
轉讓方取得收購企業股權的計稅基礎
=轉讓方出讓股權的原計稅基礎＋轉讓方確認的所得-轉讓方收到的非股權支付對價
=轉讓方出讓股權的原計稅基礎+（總對價-轉讓方出讓股權的原計稅基礎）*非股權支付部分/總對價-轉讓方收到的非股權支付部分
=轉讓方出讓股權的原計稅基礎+轉讓方收到的非股權支付部分-轉讓方出讓股權的原計稅基礎*非股權支付部分/總對價-轉讓方收到的非股權支付部分
=轉讓方出讓股權的原計稅基礎 -轉讓方出讓股權的原計稅基礎*非股權支付部分/總對價
=轉讓方出讓股權的原計稅基礎*（1-非股權支付部分/總對價）
=轉讓方出讓股權的原計稅基礎*股份支付比例】
【例2】信達公司用全資子公司a公司100%股權（公允價90萬元，計稅基礎80萬元）以及現金 10 萬元為支付對價， 收購乙公司全資子公司b公司100%股權（公允價100萬元，計稅基礎50萬元）。假設其他條件符合且雙方選擇適用企業所得稅特殊性稅務處理。則：
1、 乙公司確認的所得 = [（100-50]×（10/100）= 5萬
2、 按照計稅基礎轉移規則：
收購企業取得被收購企業股權的計稅基礎 = 被收購企業股權的原計稅基礎＋轉讓方確認的所得。則：
信達公司取得b公司股權的計稅基礎=50+5=55萬元
3、 按照計稅基礎替代規則：
轉讓方取得收購企業股權的計稅基礎 =轉讓方出讓股權的原計稅基礎＋轉讓方確認的所得－轉讓方收到的非股權支付對價=轉讓方出讓股權的原計稅基礎*股份支付比例。則：
乙公司取得a公司股權的計稅基礎=50+5-10=50*90%=45萬元。
上述稅務處理結果是否正確，可以用我國資本交易稅收專家姜新錄老師的交易分解法進行驗證：
第一步，信達公司收購乙公司持有的b公司10%股權，支付對價為10萬元現金；
第二步，信達公司收購乙公司持有的b公司90%的股權，支付對價為其持有的a公司100%股權。
（1）第一步的稅務處理：信達公司現金收購b公司10%股權，只能適用一般性稅務處理。
乙公司應確認轉讓b公司10%股權的所得=（100-50）*10%=5萬
信達公司應確認取得b公司10%股權的計稅基礎為10萬元。
（2）第二步的稅務處理：信達公司收購b公司90%股權，適用特殊性稅務處理。
乙公司不確認b公司90%股權的轉讓所得。取得a公司100%股權支付的計稅基礎以原b公司90%股權計稅基礎確認，即為：50*90%=45萬元
信達公司不確認a公司100%股權轉讓所得。確認取得b公司90%股權的計稅基礎以乙公司原持有b公司90%股權計稅基礎確認，即為：50*90%=45萬元
（3）合并兩步交易
乙公司應確認b公司100%股權的轉讓所得5萬元，取得a公司100%股權支付的計稅基礎為45萬元。
信達公司不確認a公司100%股權轉讓所得，確認取得b公司100%股權的計稅基礎為10+45=55萬元。
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