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在日常稅收征管中，稅務機關經常會對納稅人申報的增值稅收入和企業所得稅收入進行比對。
增值稅申報收入一般會提取12月份《增值稅納稅申報表》累計數，包括按適用稅率計稅銷售額、按簡易辦法計稅銷售額、免抵退辦法銷售額和免稅銷售額等四項收入。
企業所得稅申報收入則一般會提取《企業所得稅年度納稅申報表》主表第1行營業收入金額，包括主營業務收入和其他業務收入。
如果兩個收入不一致，稅務人員經常會將此作為一個重要風險點要求企業做出說明，而很多納稅人會困惑，明明自己如實申報了兩項收入，為什么會出現異常呢？
但事實上，如果存在以下情形，企業所得稅收入和增值稅收入不一致是正常的，我們分別看一下：
1
某些視同銷售行為，會產生兩稅收入不一致
（一）納稅人將貨物在實行統一核算的跨縣(市)內部機構間移送用于銷售。此種行為增值稅需要計算銷項稅，但在會計核算與企業所得稅政策規定上，均屬于企業內部轉移資產行為，既不計入營業收入，也不計算繳納企業所得稅。
（二）納稅人將自產或委托加工貨物用于集體福利。此種情況下貨物并沒有離開本企業，所有權并沒有發生轉移，也沒有相關經濟利益流入，會計核算上只結轉成本，不確認收入，也不計入企業所得稅應納稅所得額。
（三）受托方以收取手續費方式銷售代銷貨物。受托方以收取手續費方式銷售代銷貨物，代銷貨物銷售額不作為本企業營業收入核算，也不涉及企業所得稅。但因為收取了購買方貨款并開具增值稅發票，實質已構成增值稅收入實現，即需要“視同銷售”計提銷項稅金，交付代銷清單并取得委托方增值稅發票時再作進項稅額核算。受托方向委托方收取的手續費計入其他業務收入，屬于傭金性質，應按規定計算繳納增值稅和企業所得稅。
2
價外費用，產生兩稅申報收入不一致
增值稅的銷售額是按照納稅人發生應稅行為取得的全部價款和價外費用確定。價外費用包括價外向購買方收取的手續費、補貼、基金、集資費、返還利潤、獎勵費、違約金、滯納金、延期付款利息、賠償金、代收款項、代墊款項、包裝費、包裝物租金、儲備費、優質費、運輸裝卸費以及其他各種性質的價外收費。
納稅人收取的這些價外費用，除代為收取符合規定的政府性基金或者行政事業性收費，以及以委托方名義開具發票代委托方收取的款項外，都應計入增值稅銷售額計算申報繳納增值稅。
但這些價外收費在會計核算和企業所得稅納稅申報時卻有相當一部分并不計入營業收入，如收取的延期利息費用應沖減財務費用，收取的包裝費、儲備費、運輸裝卸費應沖減銷售費用，收取的違約金、賠償金、滯納金應計入營業外收入，代收、代墊款項應計入往來項目等。
雖然最終并不影響會計核算結果和應納稅所得額的計算，但在兩稅申報收入數據對比時卻會形成增值稅申報收入大于企業所得稅申報收入的情況。
3
處置固定資產和無形資產，產生兩稅申報收入不一致
納稅人在生產經營中發生固定資產、無形資產處置轉讓行為，均應按照出售價格和適用稅率或征收率計算申報繳納增值稅，但在會計處理和企業所得稅納稅申報上，則是將資產處置收入扣除賬面價值和相關稅費后的金額計入營業外收入或營業外支出，很明顯，這會造成增值稅申報收入大于企業所得稅申報收入。
4
金融商品轉讓業務，產生兩稅申報收入不一致
金融商品轉讓，按照財稅【2016】36號規定，納稅人轉讓金融商品按照賣出價扣除買入價后的余額為銷售額計算繳納增值稅。
納稅申報時，按照扣除之前的不含稅銷售額填入納稅申報表主表銷售額相關欄次。而金融資產轉讓的會計處理和企業所得稅申報則是通過投資收益體現在當期損益及應納稅所得額中。兩相對比，增值稅申報收入要大于企業所得稅收入。
5
財政補貼核算，產生兩稅申報收入不一致
按照國家稅務總局公告2019年第45號規定，納稅人取得的財政補貼，與其銷售貨物、勞務、服務、無形資產、不動產的收入或者數量直接掛鉤的，應按規定計算繳納增值稅。
而納稅人取得的各種財政補貼，在會計核算和企業所得稅納稅申報上則是體現在營業外收入或補貼收入等項目中。如果納稅人取得了上述性質的財政補貼，也會形成增值稅申報收入大于企業所得稅申報收入的情況。
6
增值稅免稅業務，產生兩稅申報收入不一致
按照增值稅相關規定，無論是一般納稅人還是小規模納稅人，發生應稅行為適用免稅規定的，不得開具專用發票，但可以開具稅率欄注為“免稅”的普通發票。
納稅人進行增值稅免稅業務納稅申報時，應以含稅的銷售額填報在申報表主表免稅銷售額相應欄次。
會計核算上，由于規定尚不明確，僅有的財會字【1995】6號關于增值稅免稅會計處理的文件也隨著會計準則新科目設置已經作廢，目前存在兩種不同的處理方法，一是以價稅合計的方法將免稅銷售額全部計入主營業務收入，一是以價稅分離的方法將免稅銷售額還原成不含稅銷售額，計提的銷項稅額計入補貼收入或營業外收入。
若納稅人采用第一種方法核算，不會出現兩稅申報收入不一致問題。若采用第二種方法核算，則會形成增值稅申報收入大于企業所得稅申報收入的情況。
7
收入確認原則不同，產生兩稅申報收入不一致
增值稅與企業所得稅都是以收入為起點計算應納稅額，在收入確認上既有相同之處，也存在一些差異。這種收入確認上的差異勢必要對兩稅申報收入造成一定的影響。這里僅就以下幾種較為特殊的銷售結算方式予以簡要分析：
(一)委托代銷貨物。納稅人發生委托代銷行為時，增值稅以“收到代銷清單”或者“收到全部或者部分貨款”確認銷售額。企業所得稅以“收到代銷清單”確認銷售額(國稅函【2008】875號)。如果企業先收到代銷清單后收到貨款，則兩稅同時確認收入;如果納稅人先收到貨款后收到代銷清單，則增值稅先確認收入;如果納稅人既沒有收到代銷清單也沒有收到貨款，在“發出代銷貨物滿180天的當天”也要確認增值稅收入，而企業所得稅還要等待代銷清單的到達。
(二)托收承付方式銷售貨物。在托收承付方式下，增值稅要求在“發出貨物并辦妥托收手續的當天”確認收入，而企業所得稅只需“辦妥托收手續”即可確認收入。若納稅人先發出貨物后辦妥托收手續或同時完成，則兩稅在收入確認上沒有差異。若納稅人先辦妥托收手續后發出貨物，則企業所得稅要先于增值稅確認收入。
(三)預收租金業務。納稅人采取預收款方式提供租賃服務，增值稅按照“收到預收款的當天”確認收入，企業所得稅按照“跨年度，提前一次性支付，分期均勻計入相關年度”分期確認收入(國稅函【2010】79號)。很顯然，增值稅要先于企業所得稅確認收入。
(四)預收款方式銷售大型貨物。納稅人采取預收貨款方式銷售貨物，在“貨物發出的當天”確認收入，這一點基本規定在增值稅和企業所得稅上是一致的。但對于生產銷售生產工期超12個月大型機器設備、船舶、飛機等貨物，增值稅以“收到預收款或者書面合同約定的收款日期的當天”確認收入，企業所得稅則要求按照“完工進度(完工百分比法)”確認收入。
如果納稅人收到款項或約定收款日期早于按工程進度確定的收入實現日，增值稅會先于企業所得稅確認收入;如果收到款項或約定收款日期晚于按工程進度確定的收入實現日，則是相反的結果。
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